学校1960年1月10日经安徽省卫生厅教字0064号文件批准成立，校址设在芜湖市中长街中医院内，初名为“芜湖市中医学校”，首批学员为本市名老中医之学徒共35人，半医半读，初定学制五年。

1960年7月8日更名为“安徽省芜湖中医专科学校”，校址迁至下二街13号，纳入我省中专招生计划，首届全日制班录取初中毕业生40人，中医士专业。

1962年6月2日，经省卫生厅0444号文件批准，学校定名为“安徽省芜湖中医学校”，正式纳入调整后的省中等卫生学校建制，由芜湖市卫生局主管，学制统一定为三年。

1963年5月7日，学校迁入芜湖市赭山公园东大门对面，校址邢家山7号，同年11月首届毕业生由国家统一分配工作。

1966年6月至1971年9月，因“文化大革命”动乱，学校被迫停止招生，其间，1969年1月学校下迁至广德县柏垫中学。

1972年学校恢复中药士专业招生，1973年恢复中医士专业招生,推荐入学。1977年恢复了三年制中医、中药专业招生，全省统一考试招生录取。

1984年机构改革，学校党支部改设为党总支;1996年11月，经市卫生局芜卫字（96）43号文件批复，学校党总支改设为党委。

1999年7月30日，经安徽省人民政府批准，学校更名为“安徽省中医药学校”。

2001年6月7日，经省政府皖政秘〔2001〕74号文件批准，学校升格为“皖南职业学院”，系专科层次的高等职业学校。

2002年3月21日，经教育部教发函〔2002〕59号文件批准，建立“安徽中医药高等专科学校”，撤销“安徽省中医药学校”建制，学校实行省市共建，以市为主的办学体制。

2002年10月，学校搬迁至城南高校园区，校址为荆山西路16号，原校区整体置换给安徽金鼎集团。

2004年6月22日，经芜湖市人民政府芜政秘〔2004〕100号文件批准，芜湖市中医院作为学校附属医院。

2006年12月25日，经芜湖市人民政府芜政秘〔2006〕152号批准，芜湖市中医医院成建制划归学校，作为学校的直属附属医院，业务上接收市卫生局的指导和监管。

2012年6月1日，经芜湖市人民政府芜政秘〔2012〕84号文件批准，芜湖市口腔医院（筹）成建制划归学校，作为学校的直属附属医院，即安徽中医药高等专科学校附属口腔医院。